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La investigación del grupo Cancer Data Science (CaDS) está dedicada a profundizar en la comprensión de la complejidad del cáncer, tanto desde un punto de vista de las bases de la enfermedad como de su tratamiento, mediante el análisis computacional y la integración de conjuntos de datos moleculares a gran escala. Más específicamente, actualmente estamos centrando los esfuerzos en: dotar los actuales tratamientos en cáncer de un componente más personalizado mediante el uso de metodologías computacionales; determinar las bases moleculares de la enfermedad en pacientes jovenes; o determinar la genealogíaa evolutiva de las células tumorales mediante análisis bioinformáticos. En el grup CaDS también hemos desarrollado aplicaciones bioinformáticas de éxito como el SNPStats, y colaboramos con múltiples grupos de nuestra institución, así como con otros grupos de investigación nacionales e internacionales.
CÁNCER DE BIOLOGÍA COMPUTACIONAL, BIOINFORMÁTICA, MEDICINA DE PRECISIÓN, BIOLOGÍA DE SISTEMAS / REDES, LA INTEGRACIÓN DE DATOS BIOLÓGICOS, LAS VÍAS DE SEÑAALITZACIÓN Y BIOLOGÍA MOLECULAR, ANÁLISIS DE DATOS DE SECUENCIACIÓN DE NUEVA GENERACIÓN (NGS), APRENDIZAJE AUTOMÁTICO, EPIDEMIOLOGÍA GENÉTICA, ESTUDIOS DE ASOCIACIÓN, BIOMARCADORES DEL CÁNCER Y SUSCEPTIBILIDAD

FORMACIÓN

2012 – Doctorado en Medicina, Universidad de Barcelona (UB), Barcelona

2003 – Máster en Genética, Universidad de Barcelona (UB), Barcelona

2001 – Licenciado en Ciencias Informáticas, Universidad Politécnica de Cataluña (UPC), Barcelona.
EXPERIENCIA PROFESIONAL

2017 – actual: Profesor colaborador del Máster en Investigación Clínica, Bioestadística I, Universidad Internacional de Cataluña (UIC), Barcelona

2016 – actual: Líder del Grupo de Datos del Cáncer Ciencia (CaDS), Programa de Prevención y Control del Cáncer, Instituto Catalán de Oncología (ICO), Barcelona

2012 – 2016: Asociado de investigación post-doctoral en el Laboratorio de Sridhar Ramaswamy, Massachusetts General Hospital Cancer Center / Harvard Medical School / Broad Institute of MIT & Harvard, Boston, EUA

2008: Científico visitante al Laboratorio de Andrea Califano. Centro de Biología Computacional y Bioinformática (C2B2), Universidad de Columbia, Nova York, EUA

2008 – 2012: Bioinformático, Unidad de Biomarcadores y Susceptibilidad, Instituto Catalán de Oncología (ICO), Barcelona

2001 – 2007: Bioinformático, Servicio de Epidemiología y Registro del Cáncer, Instituto Catalán de Oncología (ICO), Barcelona

 

OTROS

Premios y distinciones:

  • Beca Postdoctoral: Bolsas de Ampliación de Estudios (BAE), Acción Estratégica de Salud. Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Economía y Competitividad de España (2012).
  • Beca de Formación: YAMAGIWA-Yoshida Memorial beca de estudios Internacional, la Unión Internacional Contra el Cáncer (2008).
  • Beca de Formación: Agencia Catalana de Gestión de Ayudas Universitarias y de Investigación (AGAUR) Becas de Viaje. Disminuido a causa de la incompatibilidad con otra financiación concedida (2008).

 

Presentaciones seleccionadas en reuniones nacionales e internacionales:

  • Noviembre 2016: Solé X, Salony, Alves CP, Dey-Guha I, Ritsma L, Boukhali M, Lee JH, Chowdhury J, Ross KN, Haas W, Vasudevan S, Ramaswamy S.  AKT Inhibition Promotes Non-autonomous Cancer Cell Survival. 1st PMPPC Conference: Personalized Cancer Medicine in the Age of Aging, Barcelona (Spain). Presentación oral.
  • Octubre 2016: Solé X, Salony, Alves CP, Dey-Guha I, Ritsma L, Boukhali M, Lee JH, Chowdhury J, Ross KN, Haas W, Vasudevan S, Ramaswamy S.  AKT Inhibition Promotes Non-autonomous Cancer Cell Survival. 15th CRG Symposium: Evolution and Medicine, Barcelona (Spain). Presentación oral.
  • Abril 2016: Solé X, Salony, Alves CP, Dey-Guha I, Ritsma L, Boukhali M, Lee JH, Chowdhury J, Ross KN, Haas W, Vasudevan S, Ramaswamy S.  AKT Inhibition Promotes Non-autonomous Cancer Cell Survival. MGH SAC 2016, Boston (USA). Póster.
  • Octubre 2011: Solé X, Cordero D, Crous-Bou M, Sanz R, Berenguer A, Moreno V. Master Regulators of Metastasis in Early Stage Colon Cancer. 6th Annual DREAM on Reverse Engineering Challenges, 7th Annual RECOMB Satellite on Systems Biology, 8th Annual RECOMB Satellite on Regulatory Genomics & 1st IDIBELL Conference on Cancer Informatics (RICCI), Barcelona (Spain). Presentación oral.

 

Afiliaciones y otras contribuciones científicas

 –   2002 – actual: Miembro de “International Society for Computational Biology” ISCB.
–    2009 – actual: UICC Yamagiwa-Yoshida revisor de subvención.

–    2010 – actual: Miembro de “New York Academy of Sciences” (NYAS).

–    2008 – actual: Revisor para BMC Bioinformatics, BMC Cancer, BMC Medical Genomics.

 

PUBLICACIONES SELECCIONADAS

JARID1B Enables Transit between Distinct States of the Stem-like Cell Population in Oral Cancers.

Facompre ND, Harmeyer KM, Solé X, Kabraji S, Belden Z, Sahu V, Whelan K, Tanaka K, Weinstein GS, Montone KT, Roesch A, Gimotty PA, Herlyn M, Rustgi AK, Nakagawa H, Ramaswamy S, Basu D. Cancer Res. 2016 Sep 15;76(18):5538-49. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-15-3377. Epub 2016 Aug 3. PMID: 27488530.

 

AKT Inhibition Promotes Nonautonomous Cancer Cell Survival.

Salony*, Solé X*, Alves CP, Dey-Guha I, Ritsma L, Boukhali M, Lee JH, Chowdhury J, Ross KN, Haas W, Vasudevan S, Ramaswamy S. Mol Cancer Ther. 2016 Jan;15(1):142-53. doi: 10.1158/1535-7163.MCT-15-0414. Epub 2015 Dec 4. PMID: 26637368

 

Large differences in global transcriptional regulatory programs of normal and tumor colon cells.

Cordero D*, Solé X*, Crous-Bou M, Sanz-Pamplona R, Paré-Brunet L, Guinó E, Olivares D, Berenguer A, Santos C, Salazar R, Biondo S, Moreno V. BMC Cancer. 2014 Sep 24;14:708. doi: 10.1186/1471-2407-14-708. PMID: 25253512

 

Discovery and validation of new potential biomarkers for early detection of colon cancer.

Solé X*, Crous-Bou M*, Cordero D*, Olivares D, Guinó E, Sanz-Pamplona R, Rodriguez-Moranta F, Sanjuan X, de Oca J, Salazar R, Moreno V. PLoS One. 2014 Sep 12;9(9):e106748. doi: 10.1371/journal.pone.0106748. eCollection 2014 Sep 12. PMID: 25215506

 

Reverse engineering of TLX oncogenic transcriptional networks identifies RUNX1 as tumor suppressor in T-ALL.

Della Gatta G, Palomero T, Perez-Garcia A, Ambesi-Impiombato A, Bansal M, Carpenter ZW, De Keersmaecker K, Solé X, Xu L, Paietta E, Racevskis J, Wiernik PH, Rowe JM, Meijerink JP, Califano A, Ferrando AA. Nat Med. 2012 Feb 26;18(3):436-40. doi: 10.1038/nm.2610. PMID: 22366949